מושב בית נקופה נוסד בשנת 1949. באותו הזמן היה פרוזדור ירושלים ריק מישובים למעט קרית ענבים, מעלה החמישה ונוה אילן .
המתיישבים הראשונים היו עולים מיוגוסלביה. לאחר מכן הצטרפו יוצאי מרוקו ואחרים.
בשנות התשעים הורחב המושב, וכיום הוא מונה כחמש מאות תושבים.
